Tradicionalmente la excavación ha sido la principal fuente de información arqueológica y este tipo de intervenciones son las que más habitualmente se relacionan con el trabajo de campo arqueológico. En el proyecto IVGA se ha recurrido a ella de forma selectiva, efectuando sondeos tanto en los campamentos romanos como en depósitos de agua de la red hidráulica minera.
La excavación, como el resto de los métodos empleados, no es un fin en sí misma, ni es necesariamente la aproximación más adecuada al registro arqueológico. Su eficacia depende de a qué preguntas pretenda responder. Un principio fundamental en la propuesta metodológica que articula IVGA es la no jerarquización de las fuentes de conocimiento; se trata de considerarlas complementarias, ya que informan desde diversos ángulos sobre los procesos históricos que pretendemos investigar.
Frente a la prospección, la teledetección o la topografía, la excavación arqueológica es destructiva, irrepetible e irreversible, de manera que este tipo de intervenciones requieren una evaluación previa de su interés y del alcance que han de tener.
En IVGA se ha realizado varias excavaciones arqueológicas en áreas reducidas y con objetivos precisos: documentar estructuras que ya se habían identificado y caracterizado a partir del registro de superficie y obtener muestras orgánicas e inorgánicas para realizar estudios arqueobiológicos y geoarqueológicos y obtener dataciones.
En los sondeos efectuados todo el registro se ha organizado en un análisis estratigráfico. Esto permite que toda la información (gráfica, materiales, muestras, análisis) esté referida a la secuencia de unidades estratigráficas documentada en el trabajo de campo.